Das Gymnasium Wertingen bietet zwei Ausbildungsrichtungen an:
In der fünften Klasse fangen alle mit Englisch an. Dann wählt man zwischen Latein und Französisch. Unabhängig davon, ob man Latein oder Französisch gewählt hat, besucht man dann in der achten bis elften Klasse eine der beiden Ausbildungsrichtungen: entweder das naturwissenschaftlich-technologische oder das sprachliche Gymnasium. Beide führen auf die gemeinsame Oberstufe hin, in der alle wieder zusammen unterrichtet werden.